El origen del Espantapájaros como muchos otros villanos del Universo DC está relacionado con una infancia difícil, en la que un niño llamado Jonathan Crane era obejtivo de la burla y desdichas de sus compañeros de clase. Ya en su época estudiantil, a la edad de 18 años, un hecho marcará su vida para siempre y sentará las bases que terminarán por caracterizar al villano que todos conocemos. Este transcurre en el aparcamiento de su instituto en el que vestido de espantapájaros provoca un accidente de tráfico mortal al cabecilla de la banda que llevaba años atormentándolo, y a su novia, antiguo amor platónico de Jonathan. Es despues de este accidente cuando descubre un placer macabro al infundir miedo en las personas.
Años mas tarde al terminar sus estudios de medicina se especializa en psicología en la Universidad de Gotham, donde pasará a ser profesor y de donde será expulsado tras realizar un experimento en clase y herir a un alumno suyo con un gas que probaba sus teorías sobre la psicología del miedo. Tras este hecho y despues de rendir cuentas con los responsables de su expulsión ingresa en el Asilo de Arkham como médico, donde desarrolla una serie de experimentos con sus pacientes que acabarán siendo su arma principal, al llevar al extremo su obsesión por los mecanismos a traves de los cuales el miedo actua en las personas y será en Arkham donde tomará el seudónimo de Espantapájaros como venganza a su época adolescente.
